Lembaga Milik PGBP
| No. | Nama Lembaga-Lembaga | Wilayah Pelayanan | Keterangan |
| 1 | Yayasan Pelayanan Baptis Papua | Seluruh Tanah Papua | Kantor Pusat Jayapura |
| 2 | Sekolah Tinggi Theologia Baptis | Kotaraja | Jayapura |
| 3 | STT Baptis Cabang Wamena | Sinakma | Wamena |
| 4 | Universitas Wisnuwardana Wamena | Wamena | |
| 5 | Sekolah Alkitab Bhs Lani | Danime | Wamena |
| 6 | Sekolah Alkitab Bhs Indonesia | Tiom | Wamena |
| 7 | Sekolah Alkitab Menengah Atas | Tingginapaga | Wamena |
| 8 | Baptis Training Centre | Jayapura | Kotaraja |
| 9 |